- _ -

• _ga : ga
• _newclass : sim , ga
• _sim : sim

- c -

• cells_ssa : sim
• cloneNetwork : ga
• compareSteadyStates : ga
• configureContinuousLog : ga
• configureFinalLog : ga
• configureSteadyStateFunction : ga
• crossoverNetwork : ga
• CurrentThread : NetworkEvolutionLib
• cvar : sim

- d -

• deleteNetwork : ga
• disableLogFile : ga

- e -

• enableLogFile : ga
• evolveNetworks : ga

- g -

• GAeliteSelection : ga
• GAfree : ga
• GAgetCrossoverFunction : ga
• GAgetFitnessFunction : ga
• GAgetMutationFunction : ga
• GAgetSelectionFunction : ga
• GAhyperbolicSelection : ga
• GAinit : ga
• GAnextGen : ga
• GArouletteWheelSelection : ga
• GArun : ga
• GAsetCrossoverFunction : ga
• GAsetFitnessFunction : ga
• GAsetMutationFunction : ga
• GAsetSelectionFunction : ga
• GAsetupNewStruct : ga
• GAtournamentSelection : ga
• get_value : sim
• get_value2D : sim
• getDerivatives : sim
• getDerivatives2 : sim
• getImmediateParents : ga
• getInitialValues : ga
• getNumReactions : ga
• getNumSpecies : ga
• getOriginalParents : ga
• getRatesFromSimulatedData : sim
• getReactionRates : ga
• getStoichiometryMatrix : ga

- j -

• jacobian : sim
• jacobian2 : sim

- l -

• Langevin : sim
• lineageTrackingOFF : ga
• lineageTrackingON : ga

- m -

• mutateNetwork : ga

- n -

• networkSteadyState : ga
• new_array : sim

- o -

• ODEevents : sim
• ODEflags : sim
• ODEsim : sim
• ODEsim2 : sim
• ODEtolerance : sim

- p -

• printNetwork : ga
• printNetworkToFile : ga

- r -

• randomNetworks : ga
• ReactionNetwork_swigregister : ga

- s -

• semaphore : NetworkEvolutionLib
• set_value : sim
• set_value2D : sim
• setAverageInitialValue : ga
• setCrossoverFunction : ga
• setCrossoverRate : ga
• setFitnessFunction : ga
• setInitialValues : ga
• setMutationFunction : ga
• setMutationRateOfInitialValues : ga
• setNetworkSize : ga
• setNetworkType : ga
• setNetworkTypeProbability : ga
• setRatesFunction : ga
• setStoichiometryFunction : ga
• sim_create_callback : sim
• sim_delete_callback : sim
• SIM_PYTHON_ODE_FUNCTION : sim
• simulateNetworkODE : ga
• simulateNetworkStochastically : ga
• SSA : sim
• steadyState : sim
• steadyState2 : sim